در فیلم جادوگر استانبول، سال‌های پایانی امپراتوری عثمانی. فکریه، بیوه‌ای جوان، مجبور به ازدواج با مردی بانفوذ به نام ناشیت نِفی افندی می‌شود ، مردی که شایعات وحشتناکی درباره جادوگری‌اش در شهر پیچیده است. اما عمارت مرموزی که به آن پا می‌گذارد، پر از رازهایی است که سایه‌ای سنگین بر سرنوشتش می‌اندازد. هر قدم که در گذشته‌ی تاریک این خانه و مردی که با او ازدواج کرده پیش می‌رود، بیشتر به حقیقتی هولناک نزدیک می‌شود.حقیقتی که می‌تواند همه‌چیز را نابود کند....